SMK Negeri 1 Martapura memiliki sebuah Mushalla sebagai tempat beribadah warga sekolah yang beragama Islam dan praktik mata pelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI). Mushalla ini terletak di tengah-tengah sekolah dan berukuran lebih kurang 100 m2.
Mushalla ini dilengkapi dengan podium, sound system, perlengkapan shalat, Al-Qur’an, dan perpustakaan kecil yang berisi buku-buku dan referensi Islami. Seluruh warga sekolah dapat meminjam buku-buku tersebut, tapi tentunya harus mematuhi prosedur yang berlaku.
Selain sebagai tempat beribadah, Mushalla SMK Negeri 1 Martapura juga digunakan sebagai tempat kegiatan ekstrakurikuler Rohani Islam dan Maulid Habsyi.